Inicjatorem powołania w dniu 26 kwietnia 1997 r. Grudziądzkiego Centrum "Caritas" był Biskup Toruński Andrzej Suski. Dla potrzeb Centrum diecezja nabyła od skarbu państwa, drogą zamiany nieruchomości, opuszczony budynek mieszkalny, wymagający kapitalnego remontu. Prace remontowe od piwnic po dach trwały 18 miesięcy. Od listopada 1998 r. rozpoczęto wydawanie gorących posiłków i używanej odzieży. Po kilku miesiącach zaczęła funkcjonować łaźnia, świetlica dla dzieci i gabinet pielęgniarski, który 15 lutego 2000 r. został wpisany do rejestru zakładów opieki zdrowotnej prowadzonego przez Wojewodę Kujawsko-Pomorskiego jako niepubliczny zakład opieki zdrowotnej o nazwie: IV Stacja Opieki "Caritas" Diecezji Toruńskiej w Grudziądzu. Realizacją tych zadań i wypracowaniem szczegółowych programów działania Centrum kierował jego dyrektor, ks. prałat Henryk Kujaczyński.

Od 1 października 1999 r. do 14 listopada 2016 r. dyrektorem Grudziądzkiego Centrum Caritas był ks. kan. Marek Borzyszkowski.

15 listopada 2016 r. dyrektorem Grudziądzkiego Centrum Caritas mianowany został ks. Marcin Banach. Dekretem ks. Biskupa Wiesława Śmigla ks. Marcin Banach z dniem 1 lipca 2021 roku został mianowany proboszczem parafii bł. Marii Karłowskiej w Toruniu.

1 lipca 2021 roku dyrektorem Grudziądzkiego Centrum Caritas został mianowany ks. prałat Daniel Adamowicz.